反相鍵合薄層層析板 (RP-18, RP-8, RP-2)
雖然硅膠層析板適合分析絕大多數的化合物，但是仍有一些化合物并不合適。對于極性極小或較大的化合物，通常需要用反相板來分離。同時，反相板分離的條件還可以和HPLC關聯起來，使其成為和HPLC相匹配的分離手段。
RP-2、RP-8、RP-18都鍵合在Si 60上，不同長度的碳鏈決定了其所用溶劑系統中水相比例的高低及其保留性能。隨著碳鏈的增長，保留時間也逐漸增加。例如，HPTLC RP - 2展示了較大的極性。其耐水性可達80%水相比例，而RP - 8和RP - 18只能用到60%水相比例。HPTLC RP - 18W經過特殊處理可以用純水條件。
CN, NH2, Diol 鍵合薄層層析板
CN和Diol中鍵合相的極性強度中等，適合用于正反兩相系統。NH2薄層板提供微弱的離子交換作用。很多情況下可以用來替代PEI cellulose層析板。
由于大多數在反相板上得到分離的化合物都不顯色，因此默克公司的反相層析板都采用藍色熒光 F254S
反相TLC和HPTLC
| 填料 | 材質 | 尺寸 | 塊/包 | 貨號 |
| Silica gel 60 RP-2(silanized)* | 玻璃板 | 20×20cm | 25 | 1.05746.0001 |
| Silica gel 60 F254(silanized)* | 玻璃板 | 20×20cm | 25 | 1.05747.0001 |
| Silica gel 60 RP-8 F254s* | 玻璃板 | 20×20cm | 25 | 1.15388.0001 |
| 玻璃板 | 10×20cm | 50 | 1.15424.0001 | |
| 玻璃板 | 5×20cm | 50 | 1.15682.0001 | |
| 玻璃板 | 5×10cm | 25 | 1.15684.0001 | |
| Silica gel 60 RP-18 F254s* | 玻璃板 | 20×20cm | 25 | 1.15389.0001 |
| 玻璃板 | 10×20cm | 50 | 1.15423.0001 | |
| 玻璃板 | 5×20cm | 50 | 1.15683.0001 | |
| 玻璃板 | 5×10cm | 25 | 1.15685.0001 | |
| Silica gel 60 RP-18 F254s | 鋁板 | 20×20cm | 20 | 1.05559.0001 |
| 鋁板 | 5×7.5cm | 20 | 1.05560.0001 | |
| HPTLC Silica gel 60 RP-2 F254s | 玻璃板 | 10×10cm | 25 | 1.13726.0001 |
| HPTLC Silica gel 60 RP-8 F254s | 玻璃板 | 10×10cm | 25 | 1.13725.0001 |
